《南京农业大学学报》（双月刊）创刊于1956年，是南京农业大学主办的综合性农业科学学术期刊，为自然科学版。主要刊登作物遗传育种、生理生态、栽培与耕作，植物病虫草害防治，生命科学，园艺科学，食品科学，动物医学，动物科学，资源与环境科学，农业应用化学及农业工程等学科的研究论文、实验技术、文献综述、科研简报以及反映最新成果的科技快讯。

《南京农业大学学报》获中国自然科学核心期刊、全国优秀科技期刊、第二届江苏省十佳科技期刊、中国期刊方阵“双效”期刊。